Biológiai hálózatok szimulációi
Csikász-Nagy Attila, az MTA doktora (Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Információs Technológiai és Bionikai Kar)
Elhangzott a 2023. december 12-i osztályülésen

Molekuláris interakciós hálózatok szabályozzák sejtjeink működését. Sejtek közötti interakciók határozzák meg egy sejtkolónia, vagy szövet viselkedését. Valamint, egyedek közötti kölcsönhatások befolyásolják egy populáció vagy egy ökoszisztéma állapotát. Mindezeknek a hálózatoknak a viselkedését alapjaiban hasonló matematikai módszerekkel lehet modellezni. Az így felállított modellek szimulációival jobban megérthetjük a biológiai hálózatok viselkedését és különböző beavatkozások hatásait is előre tudjuk jelezni. Az előadásban legfőképp fehérjehálózatok egy komplex modellje kerül bemutatásra, de megemlítésre kerülnek élesztő kolóniák sejthálózatai és emberi populációk járványmodelljei is.

A mikrobiom és a daganatok közti mechanisztikus összefüggések vizsgálata
Bay Péter, az MTA doktora (Debreceni Egyetem, ÁOK, Orvosi Vegytani Intézet)
Elhangzott a 2023. november 14-i osztályülésen

Az emberi és állati testfelületek, illetve testüregek nem sterilek, azokon, azokban kommenzalista vagy szimbionta mikroorganizmusok élnek; ezeket a közösségeket mikrobiomnak nevezzük. A mikrobiom közösségek összetétele megváltozik több betegségben (diszbiózis), így a neoplasztikus patológiákban is. Az elmúlt években számos, a neopláziákkal társuló diszbiózis taxonómiai különbségeire koncentráló, vizsgálat látott napvilágot, azonban a vizsgálatokat összehasonlítva kevés azonos vagy hasonló taxonómiai változás tapasztalható. Saját kutatásaink során elsősorban az emlőcarcinomára fókuszáltunk, és a legnagyobb egyedszámmal és bioszintetikus kapacitással rendelkező bél mikrobiom változásait vettük górcső alá. Célunk annak megértése, hogy ha a taxonómiai változások nem konzisztensek az egyes vizsgálatok között, akkor milyen általános következetesek, vonhatóak le a mikrobiom-daganat kétirányú kapcsolatról. Bemutatjuk azokat az útvonalakat, amelyeken át a daganatok a mikrobiom diszbiózisát kialakíthatják. Továbbá tárgyaljuk azokat az útvonalakat, amelyeken keresztül a diszbiotikus mikrobiom elősegíti a daganat progressziót. Összességében elmondható, hogy a mikrobiom-daganat kölcsönhatás egy öngerjesztő kört alkot, amely a tumor progressziót és a metasztázis képzést segíti elő. Az előadásban bemutatjuk az intervenciós lehetőségeket és a lehetséges diagnosztikai alkalmazásokra is kitérünk.

A genomi mutációk kialakulásának fő mechanizmusai
Szüts Dávid, az MTA doktora (ELKH Természettudományi Kutatóközpont)
Elhangzott a 2023. június 13-i osztályülésen

A mutagenezis folyamata alapvető szerepet tölt be az evolúcióban, az öregedésben és a rák kialakulásában. A mutációk kialakulását okozhatják a sejtek rendes biokémiai folyamatai vagy külső DNS-károsító hatások, de hozzájárulhat a DNS-javító mechanizmusok hiányos működése is. Kutatásaink célja a mutagenikus folyamatok megismerése, elkülönítése és mechanizmusuknak feltárása. A mutációs folyamatok feltérképezéséhez elsősorban sejtvonalakból származó kísérleti minták teljes genomszekvenálását alkalmazzuk. Kifejlesztettünk egy bioinformatikai módszert, amely izogenikus genomi mintákban gyorsan és pontosan detektálja a mutációkat. A környezeti hatások témájában meghatároztuk gyakran alkalmazott kemoterápiás szerek, valamint egy dohányzást mimikáló vegyület mutagenikus hatását, és a mutációs spektrum alapján értelmeztük a cisplatin mutagenikus mechanizmusát. A sérült DNS szakaszok javításának és másolásának mechanizmusát és mutagenikus hatását általunk létrehozott génmódosított sejtvonalakon vizsgáltuk. Feltártuk a homológ rekombináció génjei, pl. a BRCA1 és BRCA2 hiányában bekövetkező genomi instabilitás molekuláris okait. Kísérleti eredményeinket tumorszekvenálási adatokkal összevetve, a mutációs szignatúrák koncepciójának használatával hozzájárultunk a daganatok kialakulásának megértéséhez és a genomi tumordiagnosztika fejlődéséhez.

Emberi betegségekkel összefüggő poszttranszlációs módosítások
Lontay Beáta, PhD (Debreceni Egyetem, Általános Orvostudományi Kar, Orvosi Vegytani Intézet)
Elhangzott a 2023. április 11-i osztályülésen

A poszttranszlációs módosítások, így a fehérjék foszfát- és metilcsoporttal, lipidekkel és ubikvitinnel történő konjugációja jelentősen befolyásolják a fehérjék biológiai működését. Emiatt a módosításokat katalizáló enzimek gátlása és aktiválása, azok expresszióját szabályozó egyéb faktorok és a módosulások szelektív támadása terápiás stratégia lehet számos betegség esetén. Munkánk során a reproduktív betegségek, az inzulinrezisztencia, a hipertireózis és a tumorképződés folyamatiban kórosan eltolódott poszttranszlációs módosítási mintázatokat és az azok által kiváltott patobiokémiai folyamatokat vizsgáljuk. Az előadásban példaként a tüdődaganatok képződését indukáló Mg²⁺ -függő protein foszfatáz/miozin foszfatáz/protein arginin metiltranszferáz 5 onkogén jelátviteli pálya kerül bemutatásra.

Komoly kihívások a hazai biológiai antropológia előtt: a Mohácsi tömegsír-kutatások
Pálfi György, CSc (Szegedi Tudományegyetem, Biológia Intézet, Embertani Tanszék) előadása
Elhangzott a 2023. március 14-i osztályülésen

Az előadásban röviden bemutatjuk, hogyan került be a Szegedi Tudományegyetem Embertani Tanszéke a Mohácsi Nemzeti Emlékhely III. sz. tömegsírjának feltárásába 2020 őszén, és milyen nehézségekkel kellett megküzdenünk a három feltárási szakasz (2020-2022) sokezer munkaórája során. Terepi antropológiai feltáró munkánk – amelybe a hazai antropológus szakma két tucatnyi munkatársa kapcsolódott be – megteremtette az alapjait annak, hogy a következő három év laboratóriumi kutatásaival 2026-ra hiteles biológiai rekonstrukcióval szolgálhassunk a mintegy 300 áldozatról, és a mohácsi csata ötszáz éves évfordulóján az összekevert maradványok szétválogatás után egyéni újratemetésben részesülhessenek. Eddigi megfigyeléseink alapján valószínűsíthető, hogy a biológiai antropológiai kutatások eredményei a csatával kapcsolatos történelmi ismereteinket is pontosítani fogják.

Ragadozó lapok, vitatható kiadói magatartás, vagy szerzőbarát nyílt hozzáférés? – az MDPI lapcsalád
Török Péter, az MTA doktora (Debreceni Egyetem, Ökológiai Tanszék, MTA-DE Lendület Funkcionális és Restaurációs Ökológiai Kutatócsoport) előadása
Elhangzott a 2023. február 14-i osztályülésen

Az előadásban röviden áttekintjük, miért kell foglalkozni a nyílt hozzáférés és a ragadozó lapok problémakörével. Bemutatjuk az MDPI lapcsaládot, publikációs mutatószámait, valamint az MDPI lapok kapcsán felmerült problémákról is szót ejtünk. Az előadás végén összegezzük, hogy milyen lehetséges javaslatokat fogalmazhatunk meg annak érdekében, hogy a ragadozó lapokat és publikációs csapdákat elkerüljük és bemutatjuk az Ökológiai és Diverzitásbiológiai bizottságok ennek okán megfogalmazott közös javaslat-tervezetét is.