Structure and function of Semaphorin-5A glycosaminoglycan interactions

A Semaphorin-5A glikozaminoglikán kölcsönhatások szerkezeti és funkcionális vizsgálata

Nature Communications, 2024
Gergely N. Nagy^1,2,3, Xiao-Feng Zhao⁴, Richard Karlsson⁵, Karen Wang⁴, Ramona Duman⁶, Karl Harlos¹, Kamel El Omari⁶, Armin Wagner⁶, Henrik Clausen⁵, Rebecca L Miller⁵, Roman J Giger^4,7, E Yvonne Jones¹

¹Division of Structural Biology, Wellcome Centre for Human Genetics, University of Oxford, UK.
²Department of Applied Biotechnology and Food Science, Faculty of Chemical Technology and Biotechnology, Budapest University of Technology and Economics, Hungary.
³Institute of Molecular Life Sciences, HUN-REN Research Centre for Natural Sciences, Budapest, Hungary
⁴Department of Cell and Developmental Biology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI, USA.
⁵Copenhagen Center for Glycomics, Department of Cellular and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences, University of Copenhagen, Denmark
⁶Diamond Light Source, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, UK. ⁷Department of Neurology, Ann Arbor, MI, USA

Szakmai összefoglaló
A szerzők a Sema5A sejtfelszíni jelzőfehérje és glikozaminoglikán (GAG) poliszacharidok kölcsönhatásait vizsgálva meghatározták a Sema5A új kovalens dimer fold szerkezetű GAG kötőhelyét. Oldatbeli és sejtes vizsgálatokkal elemezték a kölcsönhatás specificitásának fehérje és glikán molekuláris hátterét, majd igazolták a kölcsönhatás szerepét az egér dentát gyrus kialakulásában, mely a memória egyik fontos agyi területe. A cikk értelmezi egyes Sema5A eredetű rendellenességek molekuláris hátterét.

LoCoHD: a metric for comparing local environments of proteins

LoCoHD: metrika lokális környezetek összehasonlítására fehérjékben

Nature Communications, 2024
Zsolt Fazekas^1,2, Dóra K. Menyhárd^1,3, András Perczel<sup>1,3

1</sup>Laboratory of Structural Chemistry and Biology, Institute of Chemistry, ELTE Eötvös Loránd University, Budapest, Hungary
²ELTE Hevesy György PhD School of Chemistry, ELTE Eötvös Loránd University, Budapest, Hungary
³HUN-REN-ELTE Protein Modeling Research Group, ELTE Eötvös Loránd University, Budapest, Hungary

Szakmai összefoglaló
A LoCoHD metrika, a létező szerkezet-összehasonlító módszerekkel ellentétben, képes a fehérjék szerkezetét a kémiai jelleg figyelembe vételével, lokálisan összehasonlítani. A módszer alkalmazhatóságát több esettanulmányon keresztül is bemutattuk, többek között a gépi tanulás alapú AlphaFold2 fehérjeszerkezet-modellező elemzésével is. A fehérjék ilyen módú összehasonlítása segítséget nyújthat a gyószertervezésben és a fehérjék működésével kapcsolatos betegségek kezelésében is.

Közérthető ismertető
A magyar fejlesztésű, LoCoHD-nak nevezett metrika újszerű megközelítést kínál a fehérjék szerkezetének kémiai alapú összehasonlítására. Több esettanulmány is, köztük az AlphaFold2 mesterséges intelligencia modell elemzése, bizonyítják a módszer hasznosságát. Ez az újítás fontos szerepet játszhat a gyógyszertervezésben és a fehérjék működésével kapcsolatos betegségek kezelésében.

Flow synthesis of capsaicin and capsaicinoid analogues

Kapszaicin és kapszaicinoid analogonok áramlásos szintézise

ACS Sustainable Chemistry & Engineering, 2024
Máté János Orosz¹, Bettina Rávai¹, Béla Mátravölgyi¹, Erika Bálint¹

¹Department of Organic Chemistry andTechnology, Faculty of Chemical Technology andBiotechnology, Budapest University of Technology and Economics, Hungary

Szakmai összefoglaló
A kapszaicinoidok speciális alkaloidok, melyek a csípős paprika csípősségéért felelős vegyületek. Főként a gyógyszer-, élelmiszer- és kozmetikai iparban használják őket. Elsőként dolgoztuk ki kapszaicinoidok háromlépéses áramlásos kémiai szintézisét, mely az irodalomban leírt szakaszos eljárásokhoz képest jóval zöldebb, biztonságosabb, gyorsabb és atomhatékonyabb. Továbbá 3D nyomtatott áramlásos reaktorok alkalmazásával bemutattuk az áramlásos kémia alternatív és olcsóbb lehetőségét.