Conjugation between 3D and 2D aromaticity: does it really exist? The case of carborane-fused heterocycles

Konjugáció 3D és 2D aromás rendszerek közt: valóban létezik? A karborán kapcsolt heterociklusok esete

Chemical Science, 2022
Buzsáki, D^1,2; Kovács, M²; Hümpfner, E²; Harcsa-Pintér, Z²; Kelemen, Zs^2
1MTA-BME Computation Driven Chemistry Group, Műegyetem rkp 3., H-1111 Budapest, Hungary
²Department of Inorganic and Analytical Chemistry, Budapest University of Technology and Economics, Műegyetem rkp 3., H-1111 Budapest, Hungary

Szakmai összefoglaló
Munkánk során megmutattuk, hogy a korábban számos kutatócsoport által leírt és jelentős mértékben hivatkozott 2D és 3D aromás rendszerek közti kölcsönhatást nagymértékben túlbecsülték karborán kapcsolt rendszerek esetében. Az eredmények rávilágítanak arra, hogy a jelenség leírására jóval nagyobb figyelmet kell szentelni, melynek alaposabb megértése lehetővé teszi olyan rendszerek tervezését is, amelyek alkalmasak lehetnek kismolekulák (akár hidrogén) aktiválására.

Közérthető ismertető
Az aromásság, amit az elektronok nagymértékű, kiterjedt delokalizációja okoz, egy meghatározó jelenség a kémiában. Számos közlemény jelent meg az ún. 2 és 3 dimenziós aromás rendszerek kölcsönhatására vonatkozóan. Munkánk során megmutattuk, hogy valójában nem lép fel konjugáció a két rendszer közt, ami ugyanakkor lehetőséget teremt akár új katalizátorok (például hidrogéntárolás) tervezéséhez is.

Omicron Binding Mode: Contact Analysis and Dynamics of the Omicron Receptor-Binding Domain in Complex with ACE2

Az Omikron kötődési mód: az ACE2 és Omikron receptorkötő domain komplexének kontaktus és dinamikai analízise

Journal of Chemical Information and Modelling, 2022, 62
Fazekas, Zs¹; Menyhárd K, D^1,2; Perczel, A^1,2
1Laboratory of Structural Chemistry and Biology, Institute of Chemistry, ELTE Eötvös Loránd University,
²MTA-ELTE Protein Modeling Research Group, Eötvös Loránd Research Network (ELKH), ELTE Eötvös Loránd University

Szakmai összefoglaló
A publikációnkban a humán ACE2 fehérje és a SARS-CoV-2 receptorkötő domain komplexét vizsgáltuk molekula-dinamika szimulációkkal. Bemutattuk, hogy az Omikron mutációk nagymértékű elektrosztatikai változást okoznak a két fehérje interfészén, illetve hogy az ACE2 töltéssel rendelkező glikán-oldallánca (N90) viselkedése szintén megváltozott. A vad-típushoz képest a mutáns komplex dinamikája merőben más; az Omikron komplexben az interfész kevésbbé mozgékony, mint a vad-típusban.

Közérthető ismertető
A publikációnkban az ACE2 fehérje és a SARS-CoV-2 egyik kulcsfehérjéjének komplexét vizsgáltuk számítógépes szimulációkkal. A vad típusú komplexhez képest jelentős eltéréseket találtunk, mind a két fehérje érintkezési felületén, mind a mozgásukban. Ez a tanulmány elősegítheti a vírus működésének pontosabb megértését, illetve antivirális szerek, például vírusellenes antitestek fejlesztését.