Az MTK EB több felmérést készített a Kárpát-medencei magyar tudományos műhelyekről. Ennek fő tanulsága az volt, hogy szükség van a határon túli magyar tudományos műhelyek folyamatos támogatására, egységes Kárpát-medencei oktatás- és tudománypolitika kidolgozására, az intézményi kutatómunka stabil feltételeinek megteremtésére. Az Akadémia a műhelytámogatást 2005-ben vette fel a Domus rendszerbe, intézményi pályázatok benyújtására az itt szereplő műhelyek jogosultak. A műhelyek listájára való jelentkezés alapja tudományos tevékenység végzése, a felvételről az MTK EB dönt. Az EB támogatja a több ország magyar kutatóit összefogó Kárpát-medencei kutatóhálózatok létrejöttét.