Agrártudományi Kutatóközpont
Állatorvos-tudományi Intézet
Julianna majori telephely
Mezőgazdasági Intézet
Növényvédelmi Intézet
Talajtani és Agrokémiai Intézet

Atommagkutató Intézet

Bölcsészettudományi Kutatóközpont
Filozófiai Intézet
Irodalomtudományi Intézet
Művészettörténeti Intézet
Néprajztudományi Intézet
Régészeti Intézet
Történettudományi Intézet
Zenetudományi Intézet

Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpont
Földrajztudományi Intézet
Földtani és Geokémiai Intézet
Geodéziai és Geofizikai Intézet
Konkoly Thege Miklós Csillagászati Intézet

Energiatudományi Kutatóközpont
Atomenergia-kutató Intézet
Energia- és Környezetbiztonsági Intézet
Műszaki Fizikai és Anyagtudományi Intézet

Kísérleti Orvostudományi Kutatóintézet

Közgazdaság- és Regionális Tudományi Kutatóközpont
Közgazdaság-tudományi Intézet
Regionális Kutatások Intézete
Világgazdasági Intézet

Nyelvtudományi Intézet
Finnugor és Nyelvtörténeti Osztály

Ökológiai Kutatóközpont
Balatoni Limnológiai Intézet
Duna-kutató Intézet
Ökológiai és Botanikai Intézet

Rényi Alfréd Matematikai Kutatóintézet

Számítástechnikai és Automatizálási Kutatóintézet

Szegedi Biológiai Kutatóközpont
Biofizikai Intézet
Biokémiai Intézet
Genetikai Intézet
Központi Laboratóriumok
Növénybiológiai Intézet

Társadalomtudományi Kutatóközpont
Jogtudományi Intézet
Kisebbségkutató Intézet
Politikatudományi Intézet
Szociológiai Intézet

Természettudományi Kutatóközpont
Anyag- és Környezetkémiai Intézet
Enzimológiai Intézet
Kognitív Idegtudományi és Pszichológiai Intézet
Szerves Kémiai Intézet

Wigner Fizikai Kutatóközpont
Komputációs Tudományok Osztálya
Részecske- és Magfizikai Intézet
Számítógép Hálózati Központ
Szilárdtest-fizikai és Optikai Intézet
Wigner Adatközpont