Az MTK EB több felmérést készített a Kárpát-medencei magyar tudományos műhelyekről. Ennek fő tanulsága az volt, hogy szükség van a határon túli magyar tudományos műhelyek folyamatos támogatására, egységes Kárpát-medencei oktatás- és tudománypolitika kidolgozására, az intézményi kutatómunka stabil feltételeinek megteremtésére. Az Akadémia a műhelytámogatást 2005-ben vette fel a Domus rendszerbe, intézményi pályázatok benyújtására az itt szereplő műhelyek jogosultak. A műhelyek listájára való jelentkezés alapja tudományos tevékenység végzése, a felvételről az MTK EB dönt. Az EB támogatja a több ország magyar kutatóit összefogó Kárpát-medencei kutatóhálózatok létrejöttét.

Ausztria

Ausztriai Magyar Kutatóintézet, Bécs (Wien)

Imre Samu Nyelvi Intézet, Alsóőr (Unterwart)

Horvátország

Glotta Nyelvi Intézet, Eszék (Osijek)

Horvátországi Magyar Tudományos és Művészeti Társaság, Zágráb (Zagreb)

Románia

Apáthy István Egyesület, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Bolyai Társaság, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Cholnoky Jenő Földrajzi Társaság, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Csíki Székely Múzeum, Csíkszereda (Miercurea-Ciuc)

EmpiriX Egyesület, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Entz Géza Művelődéstörténeti Alapítvány, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Erdélyi Magyar Műszaki Tudományos Társaság, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Erdélyi Múzeum-Egyesület, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Farkas Gyula Egyesület a Matematikáért és Informatikáért, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Haáz Rezső Múzeum, Székelyudvarhely (Odorheiu Secuiesc)

KAM Regionális és Antropológiai Kutatások Központja, Csíkszereda (Miercurea-Ciuc)

Klinikai Angiológiai Egyesület, Marosvásárhely (Târgu Mureş)

Kolozsvári Kommunikáció- és Médiakutató Intézet, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Kolozsvári Magyar Egyetemi Intézet, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Közpolitikai Központ, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Kriza János Néprajzi Társaság, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Láthatatlan Kollégium, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Maros Megyei Múzeum, Marosvásárhely (Târgu Mureș)

Max Weber Társadalomkutató Központ (Alapítvány), Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Partiumi Területi Kutatások Intézete, Nagyvárad (Oradea)

Pokoly József Egyháztörténeti Kutatócsoport, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

POLITEIA – Romániai Magyar Politikatudományi Egyesület, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Pósta Béla Egyesület, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Pro Philosophia Alapítvány, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Romániai Magyar Közgazdász Társaság, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Sapientia Alapítvány Kutatási Programok Intézete, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Sapientia Varadiensis Alapítvány, Nagyvárad (Oradea)

Studium Alapítvány, Marosvásárhely (Târgu Mureş)

Szabó T. Attila Nyelvi Intézet, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Szatmár Megyei Múzeum, Szatmárnémeti (Satu Mare)

Székely Nemzeti Múzeum, Sepsiszentgyörgy (Sfântu Gheorghe)

Szórvány Alapítvány, Temesvár (Timişoara)

Tarisznyás Márton Múzeum, Gyergyószentmiklós (Gheorgheni)

Társadalom Műhely Társaság, Nagyvárad (Oradea)

TECHNÉ Egyesület, Temesvár (Timişoara)

Teleki Téka Alapítvány, Marosvásárhely (Târgu Mureş)

Teleki-Bolyai Könyvtár, Marosvásárhely (Târgu Mureş)

Transsylvania Nostra Alapítvány, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Transylvania Trust Alapítvány, Kolozsvár (Cluj-Napoca)

Szerbia

IDENTITÁS Kisebbségkutató Műhely, Zenta (Senta)

EGO Vajdasági Magyar Pszichológiai Kutatóműhely, Újvidék (Novi Sad)

Kiss Lajos Néprajzi Társaság, Kishegyes (Mali Iđoš)

Magyarságkutató Tudományos Társaság, Szabadka (Subotica)

Regionális Tudományi Társaság, Szabadka (Subotica)

Széchenyi István Stratégiakutató és Fejlesztési Intézet, Tóthfalu (Totovo Selo)

Vajdasági Magyar Dokturanduszok és Kutatók Szervezete, Szabadka (Subotica)

Vajdasági Magyar Felsőoktatási Kollégium, Újvidék (Novi Sad )

Vajdasági Magyar Művelődési Intézet, Zenta (Senta)

Vajdasági Magyar Tudományos Társaság, Újvidék (Novi Sad )

Verbi Nyelvi Kutatóműhely, Szabadka (Subotica)

Szlovákia

Arany A. László Polgári Társulás, Nyitra (Nitra)

Calvin J. Teológiai Akadémia, Komárom (SK) (Komárno )

Duna Menti Múzeum, Komárom (SK) (Komárno)

Impulzus, Komárom (SK) (Komárno)

Fórum Kisebbségkutató Intézet, Somorja (Šamorín)

Fórum Kisebbségkutató Intézet Etnológiai Központ, Somorja (Šamorín)

Gömör-Kishonti Múzeum Egyesület, Rimaszombat (Rimavská Sobota )

Jedlik Ányos Polgári Társulás , Nyitra (Nitra)

Kulturális Antropológiai Műhely, Tornalja (Tornaľa)

Pro Museum Polgári Társulás, Komárom (SK) (Komárno )

Pro Selye Univerzitas Alapítvány, Komárom (SK) (Komárno)

Vámbéry Polgári Társulás, Dunaszerdahely (Dunajská Streda)

Szlovénia

Magyar Nemzetiségi Művelődési Intézet, Lendva (Lendava)

Muravidéki Magyar Tudományos Társaság, Lendva (Lendava)

Ukrajna

II. Rákóczi Ferenc Kárpátaljai Magyar Főiskola Hodinka Antal Intézete, Beregszász (Берегово)

II. Rákóczi Ferenc Kárpátaljai Magyar Főiskola Lehoczky Tivadar Intézete, Beregszász (Берегово)

Fodor István Kutatóközpont, Beregszász (Берегово)

Kárpátaljai Magyar Művelődési Intézet, Beregszász (Берегово)

Momentum Doctorandus, Kárpátaljai Magyar Doktoranduszok és Aspiránsok Szervezete, Beregszász (Берегово)

Ukrán-Magyar Tudományos Műhely, Kijev (Київ)

Ungvári Nemzeti Egyetem Ukrán-Magyar Oktatási-Tudományos Intézete Hungarológiai Központja, Ungvár (Ужгород)

Ungvári Nemzeti Egyetem Ukrán-Magyar Oktatási-Tudományos Intézete, Ungvár (Ужгород)

Amerikai Egyesült Államok

Amerikai Magyar Tanáregyesület
American Hungarian Educators Association (AHEA)

Massachusetts-i Magyar Egyesület, Bostoni Tudósklub
Northeastern University Barabási lab (Boston)

New Yorki Magyar Tudományos Társaság
New York Hungarian Scientific Society (New York)

USA Nyugati Parti Magyar Tudósklub
US West Coast Club of Hungarian Scientists (Los Angeles)

Amerikai Magyar Akadémikusok Társasága
Association of Hungarian-American Academicians Inc. (Newark)