A Titkárság alapvető feladata a Magyar Tudományos Akadémiáról szóló 1994. évi XL. törvényben (a továbbiakban. Atv.) és az Alapszabályban megfogalmazott akadémiai feladatok ellátásában az Akadémia elnöke és főtitkára tevékenységének elősegítése, az Akadémia köztestületi szervei testületi munkájának segítése.

A Titkárság az Akadémia testületeinek működéséhez szükséges döntés-előkészítő, szervező, koordináló, végrehajtó és ellenőrző tevékenységet lát el. Biztosítja a köztestületi tagok részére tagságukból eredő jogaik gyakorlásának feltételeit.

A Titkárság végzi a közgyűlési bizottságok, az Elnökség, a Vezetői Kollégium, annak állandó bizottságai és a Doktori Tanács működésével kapcsolatos feladatok végrehajtását.

A Titkárság biztosítja az Akadémiai Kutatóhelyek Tanácsának (a továbbiakban: AKT) és kuratóriumainak működési feltételeit, döntéseinek előkészítését és végrehajtását. Megvalósítja a kutatóhálózattal való kapcsolattartást, segítséget nyújt kutatási feladataik végrehajtásához, a kutatási feltételek biztosításához.

A Titkárság végzi továbbá az állami költségvetésben önálló fejezetet képező akadémiai költségvetés pénzügyi, gazdálkodási feladatait. Átruházott hatáskörben ellátja az Akadémia vagyonának kezeléséből adódó – az illetékes testületek és szervek, valamint a tulajdonosi jogokat gyakorló elnök döntéseinek előkészítésével és azok végrehajtásával kapcsolatos – gazdálkodási és képviseleti feladatokat.

Ellátja az akadémiai intézmények pénzügyi, gazdasági felügyeletével kapcsolatos ellenőrzési és egyéb feladatokat.